Zazwyczaj praca magisterska jest pełna różnych cytatów, należy jednak zrobić to w odpowiedni sposób. Przede wszystkim zastosowanie ma tak zwane prawo cytatu, które dokładnie określa, w jaki sposób i kiedy można zacytować interesujący fragment, zazwyczaj w zależności od tego, jaki utwór ma być zacytowany. Prawo cytatu określa także funkcje, jaka pełni on w innych utworach, i jak ma być prezentowany.
Przede wszystkim w utworach takich jak praca magisterska cytaty musza być dobrze oznaczone. Bardzo często informacje takie są dostępne w wytycznych, określających to, w jaki porób ma być pisana cała praca. Jest to bardzo ważne, gdyż potem bardzo często to właśnie cytaty są wyłapywane przez program antyplagiatowy, dlatego jest to tak ważne, aby były one odpowiednio oznaczone, co umożliwia ich identyfikację.
Poza oznaczeniem cytatu w tekście praca magisterska musi w bibliografii zawierać także spis źródeł, z których dane cytaty zostały zaczerpnięte. W innym przypadku może to być uznane za naruszenie praw autorskich. Należy także pamiętać o tym, aby miały one odpowiednią długość, zbyt długie na pewno są niedopuszczalne, gdyż może powstać wrażenie, że stanowią oddzielny utwór. Nie jest jednak określona ich maksymalna wielkość.